Ennetbaden war während Jahrhunderten der Rebberg der Stadt Baden. Über den wenigen Wohn-, Gast- und Badehäusern am rechten Limmatufer (in Ergänzung zu den Grossen Bädern auf Badener Seite die Kleinen Bäder genannt) spannten sich am Südhang des Geissbergs und hinauf zum Höhtal die Weinberge. Die Weinstöcke standen bis zur Talsohle und teilweise darüber hinaus auf der Nordseite der Lägern. In dieses Landschaftbild sprenkelten sich zeitweise mehr als zehn Trotten. Über 100 Hektaren Reben gab es einst auf dem heutigen Gemeindegebiet von Ennetbaden.
Ennetbaden ist heute noch ein Weinbaudorf. Doch die Rebfläche ist im 20. Jahrhundert massiv verkleinert worden, nicht zuletzt infolge der Reblausplage von 1921. Derzeit gibt es in Ennetbaden knapp 10 Hektaren Rebland. Wo früher Weinstöcke standen, stehen heute Wohnhäuser. Die Südlage und die Nähe zur Stadt Baden haben Ennetbaden zu einer begehrten Wohngemeinde werden lassen (heute 3000 Einwohner).
Als die Römer kurz nach dem Jahre Null der heutigen Zeitrechnung die Thermalquellen von Baden für eine Heil- und Erholungsstätte zu nutzen begannen (Aquae Helveticae), entstand am gegenüberliegenden Ufer ein römisches Wohn- und Handwerkerquartier, das sukzessive und zum Teil herrschaftlich ausgebaut wurde. Ausgrabungen zu Beginn des 21. Jahrhunderts legen die Vermutung nahe, dass zur Siedlung eine römische Raststätte gehörte. Sie bot Unterkunft auf dem Weg nach Tenedo (Zurzach) und Vitudurum (Winterthur).
Über die Zeit nach dem Rückzug der Römer (ca. 300 n. Chr.) bis ins Hochmittelalter (um 1100) weiss man wenig. Man darf allerdings annehmen, dass Ennetbaden nicht schon zu römischer Zeit, sondern erst im Mittelalter zum Weinbau kam.
Ab dem Hochmittelalter ist die Geschichte Ennetbadens eng mit der Geschichte der Stadt Baden und der Badener Bäder verbunden. Bis in die Neuzeit war Ennetbaden keine eigene Gemeinde, sondern in einem eigenartigen Verhältnis Teil der Stadt Baden. Die Besitzer der Badehöfe besassen das Bürgerrecht von Baden, die Mehrheit der übrigen Einwohner aber waren «Gotteshausleute» des Klosters St. Blasien und zehntenpflichtig gegenüber dem Kloster Wettingen. Dass die Ennetbadener Weinbauern die Weine für die Stadt Baden und die Badener (Bade-) Gasthöfe kelterten, machte das Verhältnis zur Stadt nicht einfacher. Es gab dauernde Streitigkeiten um Dienst- und Steuerpflichten.
Die Helvetik (1798-1803) brachte kurzzeitig zwar die Gleichstellung von Ennetbadenern und Badenern. Aber kaum war die Zeit von «Liberté, Égalité, Fraternité» zu Ende und der grösste Teil der vorherigen Grafschaft Baden dem neuen Kanton Aargau zugeschlagen, hatte die Gleichberechtigung wieder ein Ende. Die Zänkereien gingen weiter.
Es war schliesslich die Stadt Baden, die 1817 beim Kanton vorstellig wurde und begehrte, den Dorfteil Ennetbaden von der Stadt loszutrennen und zur selbständigen Gemeinde zu erklären. Das Fass zum Überlaufen gebracht hatte die Weigerung der Ennetbadener, der Stadt Polizeisteuer zu bezahlen. Ennetbaden, arm und kaum überlebensfähig als eigene Gemeinde, wehrte sich vergeblich gegen das Badener Ansinnen. Am 22. Dezember 1819 genehmigte der Grosse Rat (Kantonsparlament) die Trennung und verpflichtete Ennetbaden, innerhalb der bestehenden Grenzen einen neue Gemeinde zu bilden. Baden hatte immerhin 10 000 Franken an das Armengut und 5000 Franken an das Gemeingut zu leisten.
Während vieler Jahrzehnte spürte Ennetbaden die Folgen dieser Trennung. Geld gab es kaum in der Gemeindekasse, das erste eigene Schulhaus wurde 1822 im Frondienst gebaut. Immerhin konnten auf Initiative der Badewirte 1840 die Strasse entlang der Limmat (Badstrasse), 1873 zusammen mit dem Kanton, der Stadt Baden und den Gemeinden Unter- und Obersiggenthal die neue «Schiefe Brücke» und ein Jahr darauf die gemeindeeigene Wasserversorgung gebaut werden.
Gegen Ende des 19. Jahrhunderts hatte Ennetbaden 600 Einwohner, rund doppelt so viele wie im Trennungsjahr. Entlang der Limmat hatte sich Industrie angesiedelt (Schleiferei, Gerberei, Eisengiesserei, Seidenweberei, Pumpenfabrik). Neue Arbeitsplätze ausserhalb von Hotellerie und Weinbau begünstigten die Zuwanderung junger Leute. Endlich konnte ein neues, grosszügigeres Schulhaus gebaut werden (1883). Ab der Jahrhundertwende zum 20. Jahrhundert förderte der Aufschwung der Badener Firma Brown, Boveri & Cie. einen stetigen Bevölkerungszuwachs. Ennetbaden wurde - dank der attraktiven Lage - zur begehrten Wohngemeinde ennet der Limmat. Der Wachstumstrend setzte sich nach dem Zweiten Weltkrieg in noch rasanterem Tempo fort.
Allerdings hätte man zu Beginn der Sechzigerjahre die katholische Ennetbadener Pfarrkirche St. Michael wohl kaum so gross geplant, hätte man um die rasch fortschreitende Säkularisierung und um die später wieder nach unten korrigierten Bevölkerungswachstumsprognosen gewusst. So immerhin kam Ennetbaden zu einem Stück Schweizer Vorzeigearchitektur: Der von Hermann Baur entworfene massive Betonbau gehört zu den schönsten Kirchenbauten der Schweizer Nachkriegsmoderne.
In den zwei letzten Jahrzehnten des 20. Jahrhunderts sind in Ennetbaden neue Baugebiete erschlossen worden. Inzwischen zieht sich das Dorf hinauf bis zum Höhtal und zur Gemeindegrenze mit Ehrendingen. 2006 ist die lange geplante, aber immer wieder verschobene Tunnelumfahrung zur Verkehrsentlastung des Zentrums eingeweiht worden. Das Zentrum soll zu einer neuen, attraktiven Wohn-, Tourismus- und Begegnungszone werden.
Den alten Kurort Ennetbaden hat die Tunnelumfahrung nicht mehr retten können. Vom Einbruch, den der Erste Weltkrieg verursacht hatte, erholte sich die Ennetbadener Hotellerie nie mehr richtig. In den Achtzigerjahren des 20. Jahrhunderts war der Kurbetrieb in Ennetbaden faktisch tot. Erst 2011 ist wieder ein Wellness- und Spa-Hotel eröffnet worden (an Stelle des früheren Hirschen). Hier werden die alten Thermen neu genutzt, das Spa soll dereinst Teil eines wiedererblühten Kurorts Baden mit einem ganz neuen Badeangebot sein.
Auch von der einstigen Ennetbadener Industrie sind - wenn überhaupt - gerade noch die architektonischen Hüllen übriggeblieben. In ihnen haben sich Bewohnerinnen und Bewohner in grosszügigen Wohnlofts oder Künstlerinnen und Künstler in neu geschaffenen Ateliers und Werkstätten eingerichtet. Zum grössten Teil aber leben die Ennetbadenerinnen und Ennetbadener in Einfamilien- und kleineren Mehrfamilienhäusern. Die steigende Zahl von Familien, die in den letzten Jahren nach Ennetbaden gezogen sind, machte den Neubau eines weiteren Schulhauses notwendig. Das Schulhaus Grendel ist 2011 eingeweiht worden. Dass das Verhältnis zur Stadt Baden inzwischen ganz entspannt ist, beweist eine neue, gemeinsam erstellte Fussgängerbrücke über die Limmat (samt badenseitigem Personenlift). Sie ist zur vielgenutzten bequemen Verbindungen zwischen Ennetbaden und Baden geworden.
Geschichte der Schule in Ennetbaden (Auszug aus dem Ennetbadener Neujahrsblatt 2001)